全ては多重クローンの対策が不完全であったことから起きてしまった、音ゲー作りではよくあることだと思います。 対策の内容としては、クローンがクローンを生成しないように「メッセージ」の下をクローン元のオリジナルのy座標にのみクローン権限を与えるようなifコード（y座標=0 とか）で囲いました。
残念ながらこの応急処置程度の対策ではコンボ数の表示が上手く行かなくなってしまいます。この対策を維持しながら新しいコードを作ってで取り組むか、この対策を置いといて、自分で解決してみるかまではお任せします。
