旗を押すと透明度(A1-256)・R(赤0-255)・G(0-255)・B(0-255)を聞かれますので入力します。 入力された数字を16進数に変換しつつペンを引いてくれます。
Scratch 日本語版wikiのコンピュータの色 「透明度AをRGBの後に加え、透明色にできる」 とありましたが、透明度(アルファチャネル)はRGBの前に入れるみたいですね。 まだNew Scratcherなのでwikiアカウント申請できないため、備考録として。